U petak, 29. prosinca 2006. godine ugasilo se dosadašnje trgovačko društvo Hrvatske željeznice, d.o.o., a od tada nacionalne željeznice počinju djelovati kao 5 trgovačkih društava.

Tako odsad djeluje: HŽ Putnički promet, d.o.o. za prijevoz putnika sa 1253 zaposlenika; HŽ Cargo, d.o.o. za prijevoz tereta sa 2573 zaposlenika; HŽ Vuča vlakova, d.o.o. za vuču vlakova sa 2158 zaposlenika; HŽ Infrastruktura, d.o.o. za upravljanje, održavanje i izgradnju željezničke infrastrukture sa 7533 zaposlenika i krovna organizacija HŽ Holding, d.o.o za poslovne usluge sa 235 zaposlenika.

Prema riječima predsjednika Uprave HŽ Holdinga, Davorina Kobaka, Hrvatske željeznice su u godini koja je protekla obavile velik posao, a pred njima su nove obaveze koje se odnose na rast opsega prijevoza, na završetak procesa poslovnog i organizacijskog restrukturiranja te unapređivanje socijalnoga partnerstva.